北京時間2月3日傍晚，國際頂級學(xué)術(shù)期刊《自然》（Nature）以“加快評審文章”(Accelerated Article Preview)形式在線發(fā)表了中國科學(xué)院武漢病毒研究所石正麗團(tuán)隊(duì)關(guān)于新型冠狀病毒（2019-nCoV）的研究論文，該論文于2020年1月20日提交，1月29日被期刊接收，最終在線發(fā)表于2月3日。這也是《自然》首次以正式論文的形式刊發(fā)關(guān)于2019-nCoV的研究。

石正麗團(tuán)隊(duì)對最早在中國武漢引發(fā)呼吸系統(tǒng)疾病暴發(fā)的一種新型冠狀病毒進(jìn)行了鑒定和表征，揭示了其與嚴(yán)重急性呼吸綜合征（SARS）冠狀病毒的相似性。研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)了新型冠狀病毒來源于蝙蝠的證據(jù)，但是此次爆發(fā)的動物來源尚待確認(rèn)。武漢病毒所還確認(rèn)了2019-nCoV進(jìn)入細(xì)胞的路徑與SARS冠狀病毒一樣，即通過ACE2細(xì)胞受體。

過去的20年里，冠狀病毒已經(jīng)引發(fā)了2次大規(guī)模的流行?。簢?yán)重急性呼吸綜合征（SARS）和中東呼吸綜合征（MERS）。此前已有研究發(fā)出提示，主要存在于蝙蝠體內(nèi)的嚴(yán)重急性呼吸綜合征相關(guān)冠狀病毒（SARSr-CoV）可能會導(dǎo)致未來疾病的爆發(fā)。

研究團(tuán)隊(duì)報道了中國湖北武漢發(fā)生的一系列未確診（論文完成時）的肺炎疫情。這些病人的典型臨床癥狀是發(fā)熱、干咳、呼吸困難、頭痛和肺炎。疾病的發(fā)生可導(dǎo)致肺泡損傷引起的進(jìn)行性呼吸衰竭，甚至死亡。

論文中提到，臨床醫(yī)師最早根據(jù)臨床癥狀及體溫升高、淋巴細(xì)胞、白細(xì)胞減少(有時為正常)、胸片新發(fā)肺部浸潤、抗生素治療3天后無明顯改善等標(biāo)準(zhǔn)，將這些患者確定為病毒性肺炎。大多數(shù)早期病例與華南海鮮市場有接觸史，但現(xiàn)在該病已發(fā)展為人傳人。

據(jù)目前的官方通報，該疫情患者于2019年12月首先被發(fā)現(xiàn)，此后疫情已蔓延至中國其他地區(qū)及海外，起源或?yàn)橹袊蔽錆h華南海鮮市場。

截至2月2日24時，國家衛(wèi)生健康委收到31個?。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市）和新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團(tuán)累計報告確診病例17205例（北京市核減3例，江西省核減1例），現(xiàn)有重癥病例2296例，累計死亡病例361例，累計治愈出院病例475例，共有疑似病例21558例。累計收到港澳臺地區(qū)通報確診病例33例：香港特別行政區(qū)15例，澳門特別行政區(qū)8例，臺灣地區(qū)10例。

石正麗團(tuán)隊(duì)分析了7例重癥肺炎患者的樣本，其中6人為武漢海鮮市場內(nèi)的賣主或運(yùn)貨人員，該海鮮市場在2019年12月首次發(fā)現(xiàn)病例。

2019-nCoV基因組

考慮到疫情發(fā)生在冬季，以及與SARS一樣同樣暴發(fā)于市場，研究團(tuán)隊(duì)在拿到樣本后首先對樣本進(jìn)行測試（pan-CoV PCR primers），結(jié)果顯示5個PCR陽性。隨后采用新一代測序(NGS)的宏基因組學(xué)分析方法，對支氣管肺泡灌洗液(BALF)中收集到一個樣本(WIV04)進(jìn)行分析，以確定潛在的病因。該基因組序列與SARSr-CoV的序列一致性有87.1%。

通過從頭組裝和靶向PCR，研究團(tuán)隊(duì)獲得了一個29891bp的冠狀病毒基因組，其與SARS-CoV BJ01 (GenBank登錄號AY278488.2)的序列同源性為79.5%。

1月14日，世界衛(wèi)生組織（WHO）正式將造成武漢疫情的新型冠狀病毒命名為“2019新型冠狀病毒(2019-nCoV)”，研究團(tuán)隊(duì)在論文中也暫定其為2019-nCov。隨后，使用NGS和PCR從其他4例患者中均獲得了2019-nCoV全長基因組序列(WIV02、WIV05、WIV06和WIV07)，它們之間的同源性在99.9%以上。

2019-nCoV基因組由冠狀病毒常見的6個主要開放閱讀框(ORFs)和一些其他輔助基因組成。進(jìn)一步分析表明，2019-nCoV與SARS-CoV的序列同源性不足80%。

不過，研究人員發(fā)現(xiàn)7個被鑒定和測序出的非結(jié)構(gòu)性蛋白也存在于SARS冠狀病毒中，表明該病毒是一種與SARS相關(guān)的冠狀病毒。

研究團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步將2019-nCoV基因組與實(shí)驗(yàn)室早期檢測的冠狀病毒的部分基因序列進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)該病毒與來源于中國菊頭蝠樣本的一株冠狀病毒（RaTG13 ）的基因相似，兩種病毒序列一致性高達(dá)96.2%。

患者樣本分子和血清學(xué)調(diào)查

同時，研究團(tuán)隊(duì)確認(rèn)了2019-nCoV進(jìn)入細(xì)胞的路徑與SARS冠狀病毒一樣，即通過ACE2細(xì)胞受體。感染2019-nCoV的病人體內(nèi)的抗體顯示出在低血清稀釋度下中和病毒的潛力，但是抗SARS病毒抗體是否能與2019-CoV交叉反應(yīng)，仍需用從SARS病毒感染中痊愈的病人的血清來確認(rèn)。

作者還開發(fā)出了一種可以將2019-nCoV與其他所有人類冠狀病毒區(qū)分開的測試。

這項(xiàng)研究還表明，最有可能的病毒傳播途徑是通過個體的呼吸道，不過作者也指出其他途徑也有可能，仍需更多患者數(shù)據(jù)來進(jìn)一步研究傳播途徑。

研究團(tuán)隊(duì)最后強(qiáng)調(diào)，2019-nCoV與此次疫情之間的聯(lián)系還沒有經(jīng)動物實(shí)驗(yàn)證明，尚未充分符合科赫法則。團(tuán)隊(duì)也尚不知道這種病毒在宿主之間的傳播規(guī)律，目前來看來這種病毒在人與人之間傳播的可能性越來越大。同時應(yīng)該密切監(jiān)測病毒是否繼續(xù)演變成更強(qiáng)的毒性。

由于缺乏特異性治療，考慮到SARS-CoV與2019-nCoV之間的相關(guān)性，研究團(tuán)隊(duì)認(rèn)為，一些針對SARS-CoV的藥物和臨床前研究疫苗可能適用于該病毒。從長遠(yuǎn)來看，應(yīng)準(zhǔn)備廣譜抗病毒藥物和疫苗，以應(yīng)對未來這類病毒群引起的新發(fā)傳染病。

研究團(tuán)隊(duì)同時強(qiáng)調(diào)，最重要的是，應(yīng)該嚴(yán)格限制野生動物的馴化和消費(fèi)。

值得注意的是，石正麗團(tuán)隊(duì)也是中國SARS病毒的源頭攻克團(tuán)隊(duì)。2017年，石正麗等人在追尋、研究13年之后，終于在云南昆明地區(qū)一個小山洞里的蝙蝠身上發(fā)現(xiàn)了SARS病毒所有基因組成，基本完成了對SARS病毒的溯源工作。而此前，一度被認(rèn)為是SARS“罪魁禍?zhǔn)住钡墓迂倢?shí)際上只是中間宿主，并非病毒源頭。

此前的1月23日，石正麗團(tuán)隊(duì)也已率先在bioRxiv預(yù)印版平臺上發(fā)表Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin，揭示武漢新型冠狀病毒nCoV-2019與一種蝙蝠中的冠狀病毒的序列一致性高達(dá)96%。

據(jù)中國科學(xué)院武漢病毒研究所官網(wǎng)消息，1月21日，根據(jù)疫情快速處置與應(yīng)急在科技方面的迫切需求，湖北省科技廳啟動了“2019新型肺炎應(yīng)急科技攻關(guān)研究項(xiàng)目”，成立了新型肺炎應(yīng)急科研攻關(guān)研究專家組，武漢病毒所研究員石正麗任組長。

注：A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature (2020). 論文地址為 https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7