長期研究蝙蝠冠狀病毒的中科院武漢病毒所石正麗等人在新冠病毒（SARS-Cov-2）的溯源工作方面繼續(xù)推進(jìn)。當(dāng)?shù)貢r(shí)間5月31日，來自美國環(huán)保生態(tài)健康聯(lián)盟（EcoHealth Alliance）、中國科學(xué)院武漢病毒研究所、廣東省生物資源應(yīng)用研究所、澳大利亞昆士蘭大學(xué)、杜克大學(xué)-新加坡國立大學(xué)醫(yī)學(xué)院的研究團(tuán)隊(duì)在論文預(yù)印本平臺BioRxiv上聯(lián)合發(fā)表了一項(xiàng)研究，題為 “中國蝙蝠冠狀病毒的起源與跨種傳播（Origin and cross-species transmission of bat coronaviruses in China）”。

蝙蝠是SARS-Cov、SARS-Cov-2等多種冠狀病毒（CoVs）的天然蓄水池，然而目前科學(xué)界對冠狀病毒的進(jìn)化和多樣性仍所知甚少。研究團(tuán)隊(duì)利用貝葉斯統(tǒng)計(jì)框架和中國所有已知的蝙蝠冠狀病毒（包括630個(gè)新的冠狀病毒基因序列）的序列數(shù)據(jù)分析了它們的宏觀進(jìn)化、跨物種傳播和在中國各地的分布情況。

研究團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn)，與β冠狀病毒相比，α-冠狀病毒的宿主切換更頻繁，且能跨越親緣關(guān)系更遠(yuǎn)的其他宿主，而β-冠狀病毒受宿主限制更大。結(jié)果表明，菊頭蝠屬（Rhinolophus）及其下的菊頭蝠科（Rhinolophidae）的科間和屬間的宿主切換最為常見。這項(xiàng)分析還確定了中國冠狀病毒進(jìn)化多樣性熱點(diǎn)的宿主分類群和地理區(qū)域。

研究團(tuán)隊(duì)認(rèn)為，這項(xiàng)研究可能有助于發(fā)現(xiàn)蝙蝠冠狀病毒，用于主動監(jiān)測人畜共患病。他們提示SARS-CoV-2可能起源于菊頭蝠屬蝙蝠，而與菊頭蝠相比，全長基因組分析顯示馬來穿山甲不太可能是新冠病毒的起源。

該項(xiàng)研究的通訊作者為美國非盈利組織環(huán)保生態(tài)健康聯(lián)盟疾病生態(tài)學(xué)家Peter Daszak教授，中科院武漢病毒研究所新發(fā)傳染病研究中心主任、中科院高致病性病原生物學(xué)與生物安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室主任石正麗研究員。

研究包括630個(gè)大小在440bp左右的冠狀病毒RNA依賴RNA聚合酶(RdRp)基因部分序列，這些測序樣品來自中國各地采集的蝙蝠肛拭子或糞便；另外還包括608個(gè)序列，來自不同研究團(tuán)隊(duì)在GenBank中已發(fā)表的中國蝙蝠冠狀病毒基因序列。

研究團(tuán)隊(duì)使用冠狀病毒RdRp基因序列數(shù)據(jù)群，通過貝葉斯法重建系統(tǒng)發(fā)育樹，分析了蝙蝠α-冠狀病毒和β-冠狀病毒的祖先宿主。

α-冠狀病毒的系統(tǒng)發(fā)育樹顯示，蝙蝠α-冠狀病毒由七個(gè)家系（L1-L7）組成，對應(yīng)不同亞屬。其中第一個(gè)α-冠狀病毒家系對應(yīng)于Rhinacovirus亞屬，起源于菊頭蝠科蝙蝠（rhinolophid bats），它包含蝙蝠冠狀病毒HKU2相關(guān)和SADS相關(guān)的冠狀病毒。

另外6個(gè)家系起源于蝙蝠科蝙蝠（vespertilionid bats）。Decacovirus亞屬主要包括來自菊頭蝠科和蹄蝠科的HKU10相關(guān)冠狀病毒。此外，Myotocovirus、Pedacovirus和另一個(gè)尚未經(jīng)確認(rèn)的亞屬包括來自蝙蝠科的HKU6、HKU-10、512相關(guān)的冠狀病毒。Nyctacovirus亞屬包括來自蝙蝠科的冠狀病毒，Minunacovirus亞屬則包括來自長翼蝠科的HKU7、HKU8、1A、1B等冠狀病毒。

研究團(tuán)隊(duì)認(rèn)為，這7個(gè)家系表明蝙蝠之間發(fā)生頻繁的跨種傳播事件，菊頭蝠科和蝙蝠科最有可能是蝙蝠α-冠狀病毒的祖先宿主。

β-冠狀病毒則由四個(gè)亞屬組成。Merbecovirus亞屬以蝙蝠科作為宿主，包括MERS相關(guān)冠狀病毒、HKU4、HKU5冠狀病毒；Nobecovirus亞屬來自狐蝠科，包括HKU9冠狀病毒； Hibecovirus亞屬來自蹄蝠科；Sarbecovirus亞屬主要包括來自菊頭蝠的SARS相關(guān)冠狀病毒和HKU3冠狀病毒。

研究團(tuán)隊(duì)還指出，在Sarbecovirus亞屬進(jìn)化樹上，新冠病毒SARS-CoV-2和來自馬來菊頭蝠、中菊頭蝠以及穿山甲的冠狀病毒親緣關(guān)系最近。

研究團(tuán)隊(duì)認(rèn)為，蝙蝠β-冠狀病毒的進(jìn)化祖先宿主也可能是菊頭蝠科和蝙蝠科蝙蝠。

研究團(tuán)隊(duì)還比較了α-冠狀病毒和β-冠狀病毒的跨種傳播情況。結(jié)果顯示，α-冠狀病毒跨科傳播的發(fā)生率是β-冠狀病毒的5倍。在α-冠狀病毒中，來自菊頭蝠科和長翼蝠科的跨科傳播更加常見；而對β-冠狀病毒來說，來自菊頭蝠科的跨科傳播最為常見。

研究團(tuán)隊(duì)還利用貝葉斯離散地理模型研究了中國蝙蝠冠狀病毒在不同區(qū)域的傳播擴(kuò)散特征，他們將中國各地劃分為6個(gè)動物地理區(qū)域：西南地區(qū)（SW）、北方地區(qū)（NO）、中北部地區(qū)（CN）、中部地區(qū)（CE）、南方地區(qū)（SO）和海南島（HI）。

結(jié)果顯示，在α-冠狀病毒中，包括HKU2、SADS冠狀病毒在內(nèi)的Rhinacovirus亞屬成員可能起源于南方地區(qū)；其它α-冠狀病毒可能起源于西南地區(qū)并傳播到其它地區(qū)。

在β-冠狀病毒方面，南方地區(qū)可能是Merbecovirus亞屬（包括HKU4、HKU5冠狀病毒）和Sarbecovirus亞屬（包括HKU3和SARS相關(guān)冠狀病毒）的起源地。Nobecovirus（HKU9）和Hibecovirus亞屬可能起源于西南地區(qū)。β-冠狀病毒隨后可能出現(xiàn)了由南方地區(qū)和中部地區(qū)向其他地區(qū)的擴(kuò)散；最近也觀察到由北方地區(qū)向南擴(kuò)散。

研究團(tuán)隊(duì)以每單位時(shí)間估計(jì)遷移率來看，α-冠狀病毒是β-冠狀病毒的兩倍多，南方地區(qū)是α-冠狀病毒是β-冠狀病毒總遷移事件發(fā)生最多的地區(qū)。α-冠狀病毒在南方地區(qū)遷入和遷出事件最多，β-冠狀病毒在北方地區(qū)和南方地區(qū)遷出事件最多，在南方地區(qū)和西南地區(qū)則遷入事件最多。

總的來說，研究團(tuán)隊(duì)認(rèn)為，菊頭蝠在中國蝙蝠α-冠狀病毒的歷史演化進(jìn)程和跨種傳播中扮演著重要角色。

另外，他們強(qiáng)調(diào)，對國內(nèi)而言，未來的采樣和病毒發(fā)現(xiàn)應(yīng)重點(diǎn)關(guān)注中國南部和西南部這兩個(gè)冠狀病毒多樣化的熱點(diǎn)地區(qū)，也要關(guān)注有類似蝙蝠物種生活的鄰近國家。他們提到，不能排除緬甸、老撾、越南或其他東南亞國家作為SARS-CoV-2祖先病毒的起源地。