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原子尺度上的追逐|專訪王宏偉:如何搶占全球冷凍電鏡先機(jī)
【編者按】
大至藍(lán)鯨,小至病毒,生物的世界,可謂千差萬別。但無論形態(tài)多么豐富,生命的奧秘卻藏在蛋白質(zhì)之中——它們好比構(gòu)筑生命大廈的磚石,決定著生命可能具有的生物功能。要探究蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),這就進(jìn)入了微觀的世界,是對(duì)納米級(jí)別世界的窺探。1納米相當(dāng)于把一根頭發(fā)絲切成5萬份。要看清蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),必須有“火眼金睛”。
中國(guó)在蛋白質(zhì)領(lǐng)域曾有杰出建樹。上世紀(jì)70年代初期,中科院物理所、中科院生物物理所、上海生化所、北京大學(xué)化學(xué)系、北京大學(xué)生物系共同組成的“北京胰島素結(jié)構(gòu)研究組”測(cè)定了亞洲第一個(gè)蛋白質(zhì)晶體結(jié)構(gòu)——豬胰島素三方二鋅晶體結(jié)構(gòu),這是中國(guó)結(jié)構(gòu)生物學(xué)歷史發(fā)展的起點(diǎn)。
歷經(jīng)跌宕起伏,50年過去后,中國(guó)的結(jié)構(gòu)生物學(xué)家再次站上國(guó)際科研隊(duì)伍的前列,試圖在近原子分辨率下探索生命的奧秘。在最近向世界級(jí)高水平之巔發(fā)起的攀登中,清華大學(xué)結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心(下稱“高精尖中心”)無疑是最耀眼的一支隊(duì)伍。
該中心于2015年在北京市高等學(xué)校高精尖創(chuàng)新中心建設(shè)計(jì)劃下應(yīng)運(yùn)而生,但該中心的力量積累則需要再往前推進(jìn)20年?,F(xiàn)年75歲的中國(guó)科學(xué)院院士、中國(guó)冷凍電鏡先行者隋森芳即是早期最重要的力量之一,至今依然在該中心從事科學(xué)研究,并培育出不少當(dāng)下的中堅(jiān)力量。
近日,澎湃新聞(www.loaarchitects.com.cn)記者來到清華大學(xué),專訪了清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院院長(zhǎng)、結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心執(zhí)行主任王宏偉教授,清華大學(xué)醫(yī)學(xué)院教授、結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心副主任李海濤,清華大學(xué)生命科學(xué)研究員、結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心PI李雪明,清華大學(xué)生命科學(xué)研究員張強(qiáng)鋒,去年剛從清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院博士畢業(yè)、新晉“世界最具潛力女科學(xué)家獎(jiǎng)獲得者”白蕊。通過這五位和高精尖中心深度交集的科學(xué)家向讀者展現(xiàn)出:伴隨著該中心的發(fā)展壯大,近幾年來中國(guó)結(jié)構(gòu)生物學(xué)如何再次站上世界前列。

“就結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域來說,清華結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心經(jīng)過這5年的發(fā)展,在國(guó)際上的影響力應(yīng)當(dāng)說是名列前茅的。具體排名可能也沒有太大意義,但是我們的隊(duì)伍很年輕、很有活力、也很有競(jìng)爭(zhēng)力,培養(yǎng)出來的學(xué)生的基礎(chǔ)知識(shí)、實(shí)驗(yàn)技能、科研能力都非常扎實(shí),這些都是得到世界公認(rèn)的。”
近日,清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院院長(zhǎng)、高精尖中心執(zhí)行主任王宏偉在接受澎湃新聞?dòng)浾撸╳ww.loaarchitects.com.cn)專訪時(shí)如此總結(jié)眼下的高精尖中心。王宏偉1992年考入清華大學(xué)生物科學(xué)與技術(shù)系,本科畢業(yè)后在清華大學(xué)繼續(xù)師從中國(guó)冷凍電鏡先行者隋森芳從事冷凍電鏡的相關(guān)研究。博士畢業(yè)后前往美國(guó),在勞倫斯伯克利國(guó)家實(shí)驗(yàn)室、耶魯大學(xué)輾轉(zhuǎn)10年后,最終于2011年加入清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院。
彼時(shí)國(guó)家蛋白質(zhì)科學(xué)研究(北京)設(shè)施的籌建是王宏偉回到清華的契機(jī)。2009年,尚在耶魯大學(xué)分子生物物理與生物化學(xué)系擔(dān)任助理教授的王宏偉在回母校清華大學(xué)訪問之際,隋森芳和剛回到清華不久的施一公向他提起了國(guó)家蛋白質(zhì)科學(xué)研究(北京)設(shè)施籌建的計(jì)劃,該設(shè)施將以冷凍電鏡為主。抉擇2年之后,王宏偉最終回歸,“從1996年讀博士開始到2011年,十幾年的時(shí)間我一直從事這個(gè)領(lǐng)域的研究,而且那時(shí)候冷凍電鏡技術(shù)正在向前發(fā)展,從我們領(lǐng)域來講,有機(jī)會(huì)建設(shè)這樣一個(gè)大規(guī)模的設(shè)施,不是那么容易,人一輩子也許只能碰到這么一次,所以覺得還挺有吸引力的。”
國(guó)家蛋白質(zhì)科學(xué)研究(北京)設(shè)施是“十一五”、“十二五”期間重點(diǎn)建設(shè)的國(guó)家重大科技基礎(chǔ)設(shè)施,于2012年下半年正式啟動(dòng)。其中,以電鏡為主的復(fù)合結(jié)構(gòu)蛋白質(zhì)組解析系統(tǒng)及功能蛋白質(zhì)組研究系統(tǒng)的部分設(shè)施由清華大學(xué)負(fù)責(zé)實(shí)施,冷凍電子顯微學(xué)系統(tǒng)是其中的核心設(shè)施。該設(shè)施籌建之際,高精尖中心尚未醞釀。
王宏偉回到清華之后,陸續(xù)有更多結(jié)構(gòu)生物學(xué)及冷凍電鏡領(lǐng)域的優(yōu)秀且心懷理想的一批科學(xué)家加入進(jìn)來,這支不斷壯大的隊(duì)伍最終創(chuàng)造了中國(guó)結(jié)構(gòu)生物學(xué)基礎(chǔ)研究持續(xù)數(shù)年的高產(chǎn)高質(zhì)量現(xiàn)象。
然而,高精尖中心如何在未來保持先進(jìn)性?這是一個(gè)屬于“高手”的困擾?!拔磥淼目茖W(xué)研究希望能出現(xiàn)更加原創(chuàng)性、更加顛覆性的發(fā)現(xiàn),包括理論和概念的建立、開創(chuàng)性的方法學(xué)研究,我們要更加注重在這方面做出一些更重要的發(fā)現(xiàn)?!蓖鹾陚テ诖劳欣鋬鲭婄R更多重大的科學(xué)問題將得以解答,甚至發(fā)現(xiàn)一些此前從未認(rèn)知到的生命現(xiàn)象。
2011年,37歲的王宏偉全職回到清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,“我回來的一個(gè)主要任務(wù)就是牽頭清華大學(xué)冷凍電鏡設(shè)施的建設(shè)。”國(guó)家蛋白質(zhì)科學(xué)研究(北京)設(shè)施正式啟動(dòng)之后,王宏偉開始負(fù)責(zé)冷凍電鏡儀器設(shè)備的采購(gòu)、調(diào)試、安裝,以及同時(shí)進(jìn)行招兵買馬。2016年,其接替施一公擔(dān)任清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院院長(zhǎng)。王宏偉曾獲2018年“談家楨生命科學(xué)創(chuàng)新獎(jiǎng)”、2019年首屆“科學(xué)探索獎(jiǎng)”。
王宏偉自身主要研究方向包括:更高效、更高分辨率的冷凍電鏡方法學(xué)開發(fā);核酸質(zhì)量控制的分子機(jī)制和調(diào)控;細(xì)胞骨架和生物膜系統(tǒng)的協(xié)調(diào)機(jī)制。主要成果包括利用球差矯正冷凍電鏡和電壓相位板技術(shù)在過焦?fàn)顟B(tài)下解析至近原子分辨率蛋白結(jié)構(gòu)、分子量52千道爾頓的鏈霉親和素蛋白的3.2埃分辨率冷凍電鏡單顆粒三維重構(gòu)、設(shè)計(jì)開發(fā)一種新型功能化石墨烯電鏡支撐膜用于冷凍電鏡高分辨率三維結(jié)構(gòu)解析等。
雛形
生命活動(dòng)的關(guān)鍵密碼在于核酸和蛋白質(zhì),核酸攜帶著遺傳物質(zhì),蛋白質(zhì)則是生命活動(dòng)的主要執(zhí)行者,異常的蛋白質(zhì)空間結(jié)構(gòu)很可能導(dǎo)致其生物活性的降低、喪失,甚至?xí)?dǎo)致疾病。而圍繞蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)解析則始于近80年前,X射線晶體學(xué)、核磁共振波譜學(xué)(NMR)曾是兩大主要技術(shù)手段。
結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域的科學(xué)家具體做什么工作?在最新的新冠疫情科研攻關(guān)中其實(shí)就有很多這些學(xué)者的身影。以高精尖創(chuàng)新中心王新泉教授為例,長(zhǎng)期從事晶體解析的他在疫情暴發(fā)之后即和清華大學(xué)醫(yī)學(xué)院張林琦教授團(tuán)隊(duì)合作,他們針對(duì)新冠病毒的首個(gè)重要研究成果即解析了病毒刺突蛋白受體結(jié)合結(jié)構(gòu)域(RBD)與人受體蛋白ACE2復(fù)合物2.45埃的高分辨率晶體結(jié)構(gòu),準(zhǔn)確定位了病毒RBD和受體ACE2的相互作用位點(diǎn),揭示了受體ACE2特異性介導(dǎo)新冠病毒細(xì)胞侵染的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)。這項(xiàng)研究為治療性抗體藥物開發(fā)以及疫苗的設(shè)計(jì)奠定了堅(jiān)實(shí)的基礎(chǔ),3月30日,頂級(jí)學(xué)術(shù)期刊《自然》(Nature)在線發(fā)表了該成果。
這只是他們眾多重要成果之一,而時(shí)間再倒回9年,清華大學(xué)的結(jié)構(gòu)生物學(xué)家力量才開始真正匯集。2011年4月,清華大學(xué)結(jié)構(gòu)生物學(xué)中心正式成立,時(shí)任清華大學(xué)校長(zhǎng)顧秉林和時(shí)任清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院院長(zhǎng)施一公共同為中心揭牌。這實(shí)際上是后來高精尖中心的雛形。
2008年,41歲的施一公辭去美國(guó)普林斯頓大學(xué)終身教授的職位回國(guó)發(fā)展,第二年9月,清華大學(xué)正式成立生命科學(xué)學(xué)院,施一公任首任院長(zhǎng)。作為世界級(jí)的結(jié)構(gòu)生物學(xué)家,施一公回到清華后壯大學(xué)校的結(jié)構(gòu)生物學(xué)是必然事件?!皬哪菚r(shí)候開始準(zhǔn)備建設(shè)結(jié)構(gòu)生物學(xué)中心,招募一些年輕的科學(xué)家,然而從某種意義上來說,清華的結(jié)構(gòu)生物學(xué)并不是只從2008年開始”。
王宏偉細(xì)數(shù)了幾位早期代表性人物。其博士期間的導(dǎo)師隋森芳是中國(guó)冷凍電鏡的先行者,1989年,44歲的隋森芳回國(guó)開啟他在清華生物科學(xué)與技術(shù)系的工作,從事電子顯微鏡結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究。7年之后,已在國(guó)際頂級(jí)學(xué)術(shù)期刊《自然》(Nature)上首先發(fā)表了艾滋病毒基質(zhì)蛋白SIV-MA晶體結(jié)構(gòu)的饒子和從英國(guó)牛津大學(xué)回歸,同樣加入了清華生物科學(xué)與技術(shù)系。
“那個(gè)時(shí)候清華大學(xué)的結(jié)構(gòu)生物學(xué)已經(jīng)開始做了。”王宏偉回憶當(dāng)時(shí)的情形,“那時(shí)國(guó)內(nèi)的科研條件,尤其是硬件設(shè)施跟國(guó)外比還是有很大的差距,但是他們把一些新的方向和新的理念開始做起來了。”
2000年之后,曾經(jīng)在普林斯頓大學(xué)施一公實(shí)驗(yàn)室從事博士后工作的吳嘉煒(現(xiàn)蘇州大學(xué)醫(yī)學(xué)部特聘教授)、顏寧(2017年赴普林斯頓大學(xué),為該校分子生物學(xué)系首位雪莉?蒂爾曼(Shirley M. Tilghman)終身講席教授)分別在2003年、2007年回到清華。
隨著2008年施一公的回歸,且隨后引入了王新泉、李海濤、楊茂君等數(shù)位從事結(jié)構(gòu)生物學(xué)的專家后,“清華做結(jié)構(gòu)生物學(xué)的人更多了,然后就建立了清華大學(xué)結(jié)構(gòu)生物學(xué)中心?!?/p>
而到2015年的時(shí)候,清華從事結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究的PI總數(shù)達(dá)到了十多位,包括王宏偉在內(nèi)。“當(dāng)時(shí)無論從已經(jīng)發(fā)表的科研成果方面來講,還是從整體的體量上來看,包括從事這方面工作的研究生、博士后、工作人員,都已經(jīng)形成了比較大的規(guī)模?!币舱浅掷m(xù)發(fā)展的規(guī)模對(duì)資源、人才等提出進(jìn)一步要求,“我們面臨一些瓶頸?!?/p>
恰好在那一年,北京市教育委員會(huì)提出北京高等學(xué)校高精尖創(chuàng)新中心建設(shè)計(jì)劃。王宏偉對(duì)當(dāng)時(shí)這項(xiàng)計(jì)劃的理解為,“北京市希望通過提供一些科研經(jīng)費(fèi)來支持各個(gè)領(lǐng)域能夠達(dá)到國(guó)際頂尖水平的科學(xué)研究中心,然后希望這些中心在有了這種支持后可以從全世界引進(jìn)一些高水平專家,不管是頂尖的科學(xué)家,還是青年科學(xué)家?!彼J(rèn)為,這些目標(biāo)剛好與清華的結(jié)構(gòu)生物學(xué)需要進(jìn)一步發(fā)展的契機(jī)結(jié)合了起來。
最終在2015年10月,北京成立首批13個(gè)高校高精尖創(chuàng)新中心。這批創(chuàng)新中心在經(jīng)費(fèi)使用、評(píng)估方式上較以往有較大改變。按照計(jì)劃,北京市市財(cái)政持續(xù)穩(wěn)定地對(duì)中心進(jìn)行滾動(dòng)支持,5年為一周期,每年給予每中心5000萬元至1億元的經(jīng)費(fèi)投入,高校擁有較大自主權(quán)。原則上不低于70%的經(jīng)費(fèi)用于聘任國(guó)內(nèi)外高端人才(其中,不低于50%的經(jīng)費(fèi)要用于引進(jìn)國(guó)際頂尖創(chuàng)新人才,不低于20%的經(jīng)費(fèi)要用于引進(jìn)京外人才。)
清華大學(xué)結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心作為首批13個(gè)北京市高校高精尖創(chuàng)新中心之一,以清華大學(xué)為依托和牽頭單位,與北京工業(yè)大學(xué)共建,中心首任主任為施一公。“雖然我們前期做的不錯(cuò),從2000年開始到2015年這十幾年的時(shí)間里,清華的結(jié)構(gòu)生物學(xué)在國(guó)內(nèi)頗有影響,在國(guó)際上也已經(jīng)嶄露頭角,但是需要進(jìn)一步提升?!蓖鹾陚フJ(rèn)為,高精尖中心的設(shè)立對(duì)清華結(jié)構(gòu)生物學(xué)發(fā)展而言是一個(gè)至關(guān)重要的后續(xù)支撐。
布局
現(xiàn)在談高精尖中心,已經(jīng)離不開討論冷凍電鏡,尤其是在2015年之后。
冷凍電子顯微鏡(Cryo-EM),即在低溫下使用透射電子顯微鏡對(duì)冷凍固定在玻璃態(tài)冰中的生物大分子進(jìn)行成像,然后應(yīng)用計(jì)算機(jī)對(duì)圖像進(jìn)行處理和計(jì)算,最終重構(gòu)生物大分子的三維結(jié)構(gòu)。具體操作時(shí),先將樣品冷凍起來然后保持低溫放進(jìn)顯微鏡,高度相干的電子作為光源從上面照下來,透過樣品和附近的冰層,受到散射。再利用探測(cè)器和投射系統(tǒng)把散射信號(hào)成像記錄下來,最后進(jìn)行信號(hào)處理,得到樣品結(jié)構(gòu)。
回顧冷凍電鏡的歷史,上世紀(jì)七八十年代,歐洲、美國(guó)的一些實(shí)驗(yàn)室開始逐漸拼湊齊了技術(shù)鏈。對(duì)結(jié)構(gòu)生物學(xué)家而言,他們對(duì)冷凍電鏡這一技術(shù)手段從質(zhì)疑、觀望,最終走向擁抱。但對(duì)更多人來說,冷凍電鏡是一個(gè)新名詞,2017年的諾貝爾獎(jiǎng)是大多數(shù)人了解冷凍電鏡的開端。
2017年10月4日17時(shí)45分許,瑞典皇家科學(xué)院在斯德哥爾摩宣布將2017年度諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)授予英國(guó)劍橋大學(xué)科學(xué)家理查德·亨德森(Richard Henderson)、美國(guó)哥倫比亞大學(xué)科學(xué)家約阿基姆·弗蘭克(Joachim Frank)、瑞士洛桑大學(xué)科學(xué)家雅克·迪波什(Jacques Dubochet),以表彰他們發(fā)展了冷凍電子顯微鏡技術(shù),以很高的分辨率確定了溶液里的生物分子的結(jié)構(gòu)。這是冷凍電鏡領(lǐng)域的高光時(shí)刻之一。
在1975年之際,當(dāng)時(shí)距離電子顯微鏡誕生已有40年左右時(shí)間,其應(yīng)用在“死”物質(zhì)里如火如荼,在生物學(xué)領(lǐng)域卻被普遍認(rèn)為“不適用”。強(qiáng)電子束、真空腔,這些環(huán)境使得生物樣品注定被破壞。但亨德森在細(xì)菌視紫紅質(zhì)(bR,能吸收光能)上的嘗試,證明了電子顯微鏡在生物領(lǐng)域的適用性。
亨德森將未脫離細(xì)胞膜的細(xì)菌視紫紅質(zhì)直接放置在電子顯微鏡下進(jìn)行觀察,借助表面覆蓋的葡萄糖防止真空干涸,并采用強(qiáng)度更低的電子束流,得出細(xì)菌視紫紅質(zhì)在細(xì)胞膜上是規(guī)整排列且朝向一致。之后,在劍橋大學(xué)MRC分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室Aron Klug等人提出的三維重構(gòu)技術(shù)的基礎(chǔ)上,亨德森和同事獲得了細(xì)菌視紫紅質(zhì)較為粗糙的三維立體結(jié)構(gòu)圖像。
這也是歷史上第一張膜蛋白領(lǐng)域的三維結(jié)構(gòu),分辨率達(dá)到7埃(?),相當(dāng)于0.7納米,而1納米的直觀感受相當(dāng)于把一根頭發(fā)絲切成5萬份。這已經(jīng)是當(dāng)時(shí)電子顯微鏡獲得的歷史最佳蛋白圖像。當(dāng)然,亨德森對(duì)此并不滿意,他的目標(biāo)是分辨率達(dá)到3埃左右,這一清晰水平才能和此前的X射線晶體學(xué)成像大致相當(dāng)。
弗蘭克則是冷凍電鏡單顆粒分析的鼻祖,耗費(fèi)十余年時(shí)間完成單顆粒三維重構(gòu)算法及軟件Spider,他的圖形擬合程序被認(rèn)為是冷凍電鏡發(fā)展的基礎(chǔ)。弗蘭克也是高精尖中心的學(xué)術(shù)顧問。
迪波什的重要貢獻(xiàn)則是在真空環(huán)境下使生物分子保持自然形狀,畢竟亨德森在細(xì)菌視紫紅質(zhì)成像時(shí)使用的葡萄糖保護(hù)樣品的方法并不普遍適用。迪波什得出的方法是對(duì)生物樣品進(jìn)行玻璃態(tài)冰化(vitrifying water),最終于1982年,他開發(fā)出真正成熟可用的快速投入冷凍制樣技術(shù)制作不形成冰晶體的玻璃態(tài)冰包埋樣品。1984年,迪波什首次發(fā)布不同病毒的結(jié)構(gòu)圖像。
當(dāng)然,冷凍電鏡時(shí)代的真正來臨,還得益于樣品制備技術(shù)、新一代電子探測(cè)器發(fā)明、軟件算法優(yōu)化等多方面技術(shù)的進(jìn)步。2013年,加州大學(xué)舊金山分校(UCSF)程亦凡和David Julius 的研究組用冷凍電鏡首次得到膜蛋白TRPV1 的3.4 埃接近原子級(jí)別高分辨率三維結(jié)構(gòu),這一結(jié)果被視為具有里程碑意義。
王宏偉形容2013年之后的冷凍電鏡為“異軍突起”,“ 在2014年前后冷凍電鏡在方法學(xué)上有重大突破,使得在短短的一兩年的時(shí)間里冷凍電鏡技術(shù)異軍突起,引起了全世界所有結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域的重視,大家都意識(shí)到了冷凍電鏡是至關(guān)重要的。”而彼時(shí),結(jié)構(gòu)生物學(xué)界面臨整體轉(zhuǎn)型,在此之前結(jié)構(gòu)生物學(xué)主要是以X射線線晶體學(xué)研究為主。
蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析崛起于1960年代,X射線晶體學(xué)則是最早用于結(jié)構(gòu)解析的實(shí)驗(yàn)方法之一,這一方法的關(guān)鍵步驟之一是,為獲得可供X射線衍射的單晶,需要將純化后的生物樣品進(jìn)行晶體生長(zhǎng)。而現(xiàn)實(shí)情況卻是,目前很多復(fù)雜的大分子物質(zhì)難以獲得晶體。另一種主要手段是核磁共振,該手段能解析在溶液狀態(tài)下的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu),因此被認(rèn)為比晶體結(jié)構(gòu)更能夠描述生物大分子在細(xì)胞內(nèi)的真實(shí)結(jié)構(gòu),并且能獲得氫原子的結(jié)構(gòu)位置,缺點(diǎn)則在于蛋白質(zhì)在溶液中往往結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定而難得獲取穩(wěn)定的信號(hào)。
冷凍電鏡技術(shù)的強(qiáng)大在于其突破此前數(shù)百年科學(xué)家們的研究極限。2015年,《自然》旗下子刊《自然-方法學(xué)》(Nature Methods)將冷凍電鏡技術(shù)評(píng)為年度最受關(guān)注的技術(shù)。2017年,諾貝爾獎(jiǎng)官方稱其為“使得生物化學(xué)進(jìn)入一個(gè)新時(shí)代”的技術(shù)。2017年5月,已經(jīng)是國(guó)內(nèi)冷凍電鏡應(yīng)用領(lǐng)域領(lǐng)軍人物的施一公曾表示,冷凍電鏡的發(fā)展像是一場(chǎng)猛烈的革命,“就目前發(fā)展前景來看,冷凍電鏡技術(shù)是可與測(cè)序技術(shù)、質(zhì)譜技術(shù)相提并論的第三大技術(shù)!”在冷凍電鏡技術(shù)臻于成熟之前,施一公也是致力于借助X射線晶體學(xué)手段解析生物分子結(jié)構(gòu)。
而在王宏偉看來,清華的優(yōu)勢(shì)在于提前布局了冷凍電鏡。2009年8月25日上午,清華大學(xué)醫(yī)研院—FEI電子顯微鏡合作簽字儀式暨亞洲首臺(tái)Titan Krios冷凍電鏡安裝落成儀式在醫(yī)學(xué)科學(xué)樓舉行,時(shí)任生命科學(xué)與醫(yī)學(xué)研究院副院長(zhǎng)施一公在合作協(xié)議上簽字。FEI TITAN KRIOS 300千伏透射電鏡是世界上最先進(jìn)的高分辨場(chǎng)發(fā)射冷凍透射電鏡,彼時(shí)在世界范圍內(nèi)安裝完成不超過5臺(tái)。
這第一臺(tái)設(shè)備實(shí)際上對(duì)吸引高端人才起到了很好作用,“包括我本人回來也是受此影響,也因?yàn)橛辛说谝慌_(tái)設(shè)備,后來在國(guó)家蛋白質(zhì)設(shè)施建設(shè)的時(shí)候自然而然就以冷凍電鏡為主去發(fā)展?!?/p>
評(píng)價(jià)當(dāng)時(shí)這一舉措,王宏偉表示,“應(yīng)該是非常有勇氣,我想也體現(xiàn)了清華整個(gè)結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域的高瞻遠(yuǎn)矚。當(dāng)然,大家也沒想到很快就證明了當(dāng)時(shí)所做的決定是多么正確?!?/p>
前有多位長(zhǎng)期從事冷凍電鏡相關(guān)研究的人才累積,加之隨后國(guó)家蛋白質(zhì)科學(xué)研究設(shè)施北京基地的啟動(dòng),到2015年的時(shí)候,清華已經(jīng)采購(gòu)了重要的大型冷凍電鏡設(shè)備,從硬件上來說裝備已經(jīng)比較齊全?!扒迦A當(dāng)時(shí)高端(300KV)的冷凍電鏡有三臺(tái),數(shù)量在當(dāng)時(shí)是全球第一,這件事情的國(guó)際影響力在當(dāng)時(shí)也是非常大的?!?/p>
王宏偉認(rèn)為,2015年,也就是技術(shù)完全發(fā)展起來之后,清華已經(jīng)占了很大的先機(jī)。截至目前,清華大學(xué)已有四臺(tái)高端冷凍電鏡,此外還有四臺(tái)中低端冷凍電鏡。
豐收
實(shí)際上,在2014年左右,高精尖中心原本借助X射線晶體學(xué)手段研究的多位研究者紛紛轉(zhuǎn)向使用冷凍電鏡技術(shù)手段,清華的生物結(jié)構(gòu)解析也相繼取得突破性成果。
高精尖中心的一份數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)顯示,中心人員以第一和通訊作者身份累計(jì)在國(guó)際學(xué)術(shù)期刊《科學(xué)》、《自然》、《細(xì)胞》發(fā)表論文57篇,研究工作涉及諸多現(xiàn)代結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域的前沿研究問題:包括:RNA剪接體、植物抗病小體、線粒體超級(jí)復(fù)合物、組蛋白修飾、離子通道等,這些研究成果均在生命科學(xué)領(lǐng)域具有重大意義。
其中,施一公的剪接體相關(guān)研究榮獲2015年度“中國(guó)十大科技進(jìn)展”、楊茂君的線粒體呼吸鏈超級(jí)復(fù)合物相關(guān)研究獲得2016年度“中國(guó)生命科學(xué)十大進(jìn)展”。近兩年,隋森芳合作破解的硅藻光合膜蛋白超分子結(jié)構(gòu)和功能之謎,對(duì)于理解光合生物捕光系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)和功能具有重大啟示意義。柴繼杰主導(dǎo)的植物抗病小體的結(jié)構(gòu)與功能研究,被譽(yù)為植物免疫領(lǐng)域的里程碑事件。這兩項(xiàng)研究皆被評(píng)選為2019年度“中國(guó)生命科學(xué)十大進(jìn)展”。
此外,高精尖中心在開發(fā)原創(chuàng)技術(shù)與方法方面,也已經(jīng)產(chǎn)生很強(qiáng)的國(guó)際影響力。其中,在冷凍電子顯微學(xué)的方法和技術(shù)開發(fā)、原創(chuàng)科學(xué)成果基礎(chǔ)上的轉(zhuǎn)化與應(yīng)用方面,建設(shè)了包括李雪明研究組開發(fā)的THUNDER軟件系統(tǒng)、VR結(jié)構(gòu)生物學(xué)應(yīng)用平臺(tái)等。例如,陳春來團(tuán)隊(duì)開發(fā)的應(yīng)用于新型單分子熒光顯微鏡的設(shè)計(jì)和生產(chǎn)已獲批知識(shí)產(chǎn)權(quán);張強(qiáng)鋒團(tuán)隊(duì)從事的人工智能生物學(xué)研究獲得“2019年度中國(guó)生物信息學(xué)十大算法和工具”;其團(tuán)隊(duì)的RNA結(jié)構(gòu)新技術(shù)和功能關(guān)系研究獲得“2019年度中國(guó)生物信息學(xué)十大進(jìn)展”;王宏偉團(tuán)隊(duì)與北京大學(xué)彭海琳?qǐng)F(tuán)隊(duì)合作開發(fā)的功能化單晶石墨烯新型電鏡載網(wǎng),有效提高了樣品制備過程的可重復(fù)性,助力高分辨率生物大分子的結(jié)構(gòu)解析。
經(jīng)過五年建設(shè),目前該中心有25位常駐學(xué)術(shù)帶頭人、14位合作學(xué)術(shù)帶頭人、3位國(guó)際學(xué)者,包括諾貝爾獎(jiǎng)得主在內(nèi)的11位國(guó)際學(xué)術(shù)顧問,30位跨學(xué)科項(xiàng)目合作研究人員,93位博士后和273位博士研究生。特別值得一提的是,具有博士生導(dǎo)師資格的獨(dú)立實(shí)驗(yàn)室負(fù)責(zé)人(PI)的平均年齡只有40歲左右。
談及目前高精尖中心的影響力,王宏偉反復(fù)提到,這份影響力不止在于國(guó)內(nèi),更在于國(guó)際舞臺(tái)。
從冷凍電鏡布局方面來說,清華的大體量設(shè)備讓此前在結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域更具優(yōu)勢(shì)的國(guó)際團(tuán)隊(duì)望塵莫及?!坝?guó)、美國(guó)、德國(guó)、日本,這些國(guó)家的學(xué)者突然間意識(shí)到他們?cè)谠O(shè)施上落后于中國(guó)。因?yàn)榍迦A在有了三臺(tái)高端設(shè)施之后的幾年里,連續(xù)在冷凍電鏡領(lǐng)域發(fā)表了多項(xiàng)高水平科學(xué)研究成果,從數(shù)目和質(zhì)量上明顯優(yōu)于其他的國(guó)際團(tuán)隊(duì)。”正因如此,2016年開始,美國(guó)、英國(guó)、德國(guó)等國(guó)家紛紛提出建國(guó)家中心,參考中國(guó)模式把幾臺(tái)高端冷凍電鏡集中起來運(yùn)作。
“實(shí)際上清華的冷凍電鏡設(shè)施在國(guó)際上起到了很大的引領(lǐng)作用,大家看到,清華不但有這個(gè)設(shè)施,而且還運(yùn)行得很好,然后很快就做出了很多重要的科學(xué)發(fā)現(xiàn),解決了很多科學(xué)問題,很多以前想象不到的結(jié)構(gòu)清華都解析出來了,這個(gè)在國(guó)際上確實(shí)產(chǎn)生了很大影響?!?/p>
這種國(guó)際影響力還體現(xiàn)在來自國(guó)際團(tuán)隊(duì)的學(xué)術(shù)認(rèn)可。王宏偉提到,過去這一兩年里,很多人都主動(dòng)與其聯(lián)系,希望推薦高精尖中心的博士研究生前往對(duì)方實(shí)驗(yàn)室做博士后,他自己則也收到越來越多的申請(qǐng),很多國(guó)外的博士生想到這里來做博士后。
同時(shí),申請(qǐng)PI的人也越來越多?!艾F(xiàn)在已經(jīng)到了我們開始挑選(人才)的程度,如果說5年前,或者更遠(yuǎn)來說10年前,那時(shí)候我們還沒有太大的選擇余地,但現(xiàn)在我們已經(jīng)不只關(guān)注申請(qǐng)者在發(fā)表論文方面的表現(xiàn),還要關(guān)注這個(gè)人整體素質(zhì)及各方面潛力。”王宏偉表示,“就結(jié)構(gòu)生物學(xué)領(lǐng)域來講,清華的結(jié)構(gòu)生物學(xué)高精尖創(chuàng)新中心經(jīng)過這5年的發(fā)展,在國(guó)際上的影響力應(yīng)當(dāng)說是前幾名?!庇绕涫?,整體隊(duì)伍的年輕活力、競(jìng)爭(zhēng)力,培養(yǎng)出來的學(xué)生的基礎(chǔ)知識(shí)、實(shí)驗(yàn)技能、科研能力都非常扎實(shí),“這些是得到世界公認(rèn)的?!?/p>
總結(jié)過往,王宏偉認(rèn)為,過去的十幾年里清華的結(jié)構(gòu)生物學(xué)發(fā)展打下了非常好的基礎(chǔ),“高精尖中心的支持讓我們整個(gè)水平上了一個(gè)臺(tái)階,我們下面在考慮如何一方面能夠保持這樣的先進(jìn)性,另外一方面我們還要再上一個(gè)臺(tái)階?!彼岬轿磥砉ぷ鞯年P(guān)鍵詞是“原創(chuàng)性”和“顛覆性”。
王宏偉以高精尖中心目前已經(jīng)在做的一些科學(xué)問題為例來進(jìn)一步強(qiáng)調(diào),“我們現(xiàn)在很愿意支持這樣一些研究,比如,之前有人想過,卻從來沒有人做過,但將來可能會(huì)是一個(gè)全新的領(lǐng)域。我們鼓勵(lì)從頭開始,當(dāng)然最后它能不能‘生根發(fā)芽’,我們不知道,但是我們希望能夠存在很多這樣的可能性。”
在中心自身向前發(fā)展之外,未來還可能肩負(fù)更多使命?!皩?shí)際上我們現(xiàn)在越來越意識(shí)到,從某個(gè)層面來講,結(jié)構(gòu)生物學(xué)其實(shí)更像是一種科學(xué)研究的方法和手段,依托于我們結(jié)構(gòu)生物學(xué)這種非常領(lǐng)先的狀態(tài),可以把清華的整體生物學(xué)科向前帶動(dòng)?!?/p>
而在這個(gè)方向上近年來已有所行動(dòng),高精尖中心的研究人員和清華大學(xué)甚至校外的其他研究團(tuán)隊(duì)保持著越來越密切的合作?!叭绻呀Y(jié)構(gòu)生物學(xué)和不同領(lǐng)域的科學(xué)問題結(jié)合到一起來做的話,其實(shí)可以提供更多解答,尤其對(duì)于機(jī)制的了解非常關(guān)鍵,也可能會(huì)有很多新的概念從這里突破出來?!?/p>
未來
2009年清華大學(xué)第一臺(tái)高端冷凍電鏡落成之際,此舉不可謂不大膽。然而,2015年之后,這種“大膽”在國(guó)內(nèi)被接二連三復(fù)制。
據(jù)王宏偉了解,截至目前,國(guó)內(nèi)已經(jīng)投入使用的高端冷凍電鏡可能接近30臺(tái),另外還有部分已經(jīng)采購(gòu)但尚未安裝到位的,可能還有十幾臺(tái),“我估計(jì)未來的兩三年國(guó)內(nèi)投入使用的設(shè)備可能會(huì)達(dá)到四五十臺(tái)的規(guī)模。”
而國(guó)內(nèi)冷凍電鏡的購(gòu)買熱潮,背后基本源于一種說法,即“冷凍電鏡+清華大學(xué)=CNS”,這對(duì)很多高校和科研單位而言,無疑是巨大的吸引力。盡管建設(shè)一個(gè)冷凍電鏡平臺(tái)需要付出昂貴的經(jīng)濟(jì)代價(jià),一套標(biāo)準(zhǔn)配備往往耗資逾億元。
如何看待這種熱潮?王宏偉認(rèn)為有其合理性,但也同時(shí)充滿不確定性。
“大家意識(shí)到,我們?cè)诙潭淌瓴坏降臅r(shí)間里就發(fā)展到這樣的一個(gè)水平,所以大家后來都在以清華模式為標(biāo)準(zhǔn)來建設(shè)冷凍電鏡平臺(tái),國(guó)內(nèi)的很多高校自然也想要建設(shè)?!钡壳氨榈亻_花的結(jié)果會(huì)是什么?“國(guó)內(nèi)一下購(gòu)買了很多設(shè)施,尤其是過去這兩年,地方政府、學(xué)校紛紛出資支持建設(shè)冷凍電鏡平臺(tái)。未來會(huì)有怎樣的發(fā)展?目前還很難說?!?/p>
王宏偉坦言,首先儀器設(shè)備很貴,但價(jià)錢還是次要因素,最重要的這是一種很復(fù)雜的高精尖儀器?!斑@樣的設(shè)備不是說你花錢買來裝上就能用,它畢竟不是像電腦一樣的成熟設(shè)備,除了儀器本身,還需要一些非常有經(jīng)驗(yàn)的高水平技術(shù)人員去運(yùn)行、維護(hù)、調(diào)試,以及做一些更新的方法學(xué)推進(jìn),這方面目前是最缺的?!?/p>
正如在采訪過程中王宏偉提及,高精尖中心這五年來的發(fā)展離不開一位重要人物——蛋白質(zhì)冷凍電鏡平臺(tái)主管雷建林博士。雷建林從上世紀(jì)90年代中期開始以電鏡為主要手段開展工作,2000年轉(zhuǎn)向冷凍電鏡領(lǐng)域,曾跟隨冷凍電鏡的先驅(qū)、單顆粒算法的首創(chuàng)和實(shí)現(xiàn)者Joachim Frank教授(前述諾貝爾獎(jiǎng)獲得者之一)進(jìn)行冷凍電鏡的技術(shù)研發(fā)工作。2008年中開始協(xié)助清華大學(xué)購(gòu)置亞洲第一臺(tái)Titan Krios冷凍電鏡,同年11月回國(guó)任籌建的清華大學(xué)冷凍電鏡平臺(tái)主管。
“現(xiàn)在,在世界范圍內(nèi),我認(rèn)為他是冷凍電鏡這種高端設(shè)施運(yùn)行、維護(hù)和方法開發(fā)的一個(gè)非常好的專家,應(yīng)該是最有經(jīng)驗(yàn)的,過去這5年,清華的冷凍電鏡設(shè)施始終保持在一個(gè)國(guó)際領(lǐng)先水平,他發(fā)揮了非常重要的作用?!?/p>
王宏偉借此強(qiáng)調(diào),“國(guó)內(nèi)購(gòu)買這么多設(shè)備將來能不能充分利用起來,我覺得最重要的還是要看運(yùn)行管理設(shè)備的人員。如果隊(duì)伍強(qiáng)有力,我相信設(shè)備一定會(huì)得到很好的利用,如果隊(duì)伍不行,那可能最后還是會(huì)有問題?!?/p>
值得注意的是,當(dāng)其他科研單位的冷凍電鏡尚在起步之際,高精尖中心的團(tuán)隊(duì)已將眼光放得更遠(yuǎn)。王宏偉等人認(rèn)為,未來冷凍電鏡的戰(zhàn)場(chǎng)不應(yīng)僅限于科研,更應(yīng)在于新藥開發(fā)等應(yīng)用領(lǐng)域。
就在2017年,水木未來(北京)科技有限公司(下稱“水木未來”)在北京成立,這家專注于臨床前新藥研發(fā)加速服務(wù)的平臺(tái)型公司由王宏偉團(tuán)隊(duì)基于結(jié)構(gòu)生物學(xué)和高性能計(jì)算相關(guān)技術(shù)孵化而來,高精尖中心的王宏偉、李雪明、張強(qiáng)鋒、雷建林均擔(dān)任這家公司的科學(xué)顧問。
成立當(dāng)年,北京市科委、清華大學(xué)、賽默飛公司三方合作,共建冷凍電鏡與藥物發(fā)現(xiàn)創(chuàng)新中心,由水木未來負(fù)責(zé)運(yùn)行。據(jù)悉,該公司獲得了北京市政府給予的初期儀器設(shè)備支持,目前也已完成了天使輪融資,獲得由高榕資本、普華資本、薄荷天使基金共同投資數(shù)千萬人民幣。
對(duì)于創(chuàng)立這家公司的初衷,王宏偉解釋,“過去這兩年,我們把清華冷凍電鏡領(lǐng)域積累的經(jīng)驗(yàn)和能力實(shí)現(xiàn)商業(yè)轉(zhuǎn)化,隨著冷凍電鏡技術(shù)的發(fā)展,技術(shù)水平越來越完善,市場(chǎng)上的需求也越來越大,尤其是生物制藥企業(yè)對(duì)冷凍電鏡的需求明顯比以前更大。在市場(chǎng)需求這么大的情況下,我們需要一個(gè)平臺(tái),可以把技術(shù)不只更好地服務(wù)于學(xué)?;A(chǔ)研究的需求,還服務(wù)于社會(huì)上工業(yè)界的新藥研發(fā)需求?!?/p>
王宏偉認(rèn)為,這是整個(gè)冷凍電鏡以及結(jié)構(gòu)生物學(xué)很重要的發(fā)展方向?!八恢皇亲鳛榛A(chǔ)研究的一個(gè)很重要的工具,現(xiàn)在也已經(jīng)成為藥物研發(fā)的一個(gè)很重要平臺(tái),甚至可能會(huì)改變新藥研發(fā)的模式?!彼瑫r(shí)表示,這一步清華做的依舊是領(lǐng)先的,國(guó)際上類似商業(yè)化冷凍電鏡平臺(tái)還很少,“我們?cè)趤喼奘堑谝患?,這也是清華結(jié)構(gòu)生物學(xué)能力的一個(gè)體現(xiàn)?!?/p>
而這是王宏偉在9年前回國(guó)之際沒有設(shè)想到的場(chǎng)景。





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